Primer Set: ARTIC v4


IGV Visualization:


Download Primer Set BED
Download Sequence FASTA

Primers:

Name Locus Category Sequence
SARS-CoV-2_10_LEFT TCTGCCTATACAGTTGAACTCGGT
SARS-CoV-2_10_RIGHT GAAGATTGGTTAGATGATGATAGTCAA
SARS-CoV-2_11_LEFT GAGCCATCAACTCAATATGAGTAT
SARS-CoV-2_11_RIGHT AGGAGCCTTAAATAAGGCTACT
SARS-CoV-2_12_LEFT GTGGAAGAAGCTAAAAAGGTAA
SARS-CoV-2_12_RIGHT ATGTCTACTTAGCTGTCTTTGATAA
SARS-CoV-2_13_LEFT TCTACTTGCACCATTATTATCA
SARS-CoV-2_13_RIGHT TAGTGACATTGACATCACTTTCTTAA
SARS-CoV-2_14_LEFT TAAGTTCCTCACAGAAAACTTGTTAC
SARS-CoV-2_14_RIGHT TGCTTGCACATGCAGAAGAAAC
SARS-CoV-2_15_LEFT TTTACATTCTACCATCTATTATCTCTA
SARS-CoV-2_15_RIGHT TTCTTCACCTGATGCTGTTACAGCG
SARS-CoV-2_16_LEFT GGCTTAAATTTGGAAGAAGCTGCTCGGT
SARS-CoV-2_16_RIGHT ACGCAAGTTGTGGACATGTCAA
SARS-CoV-2_17_LEFT AAGACACTTCTTTCTTTGAGAGAAGTGAGG
SARS-CoV-2_17_RIGHT TCCAACAAATAGAGTTGAAGTTTAATCCA
SARS-CoV-2_18_LEFT CACAAGTTAATGGTTTAACTTCTATTAAA
SARS-CoV-2_18_RIGHT GTGGTAAACAAGCTACAAAATAT
SARS-CoV-2_19_LEFT GTACATGGGCACACTTTCTTATG
SARS-CoV-2_19_RIGHT ACCCTAAGTTGGACAATTATTATAA
SARS-CoV-2_1_LEFT CCAACTTTCGATCTCTTGTAGATCT
SARS-CoV-2_1_RIGHT GGCTTAGTAGAAGTTGAAAAAGG
SARS-CoV-2_20_LEFT CAGTTACACAACAACCATAAAACCAGT
SARS-CoV-2_20_RIGHT CTAATAAAGCCACGTATAAACCAAA
SARS-CoV-2_21_LEFT CCTCTTTTAAGAAAGGAGCTAAATTG
SARS-CoV-2_21_RIGHT TAGACAATTCTAGTCTTACTATTAAGAAA
SARS-CoV-2_22_LEFT TTATACTTAAACCAGCAAATAATAGTTTA
SARS-CoV-2_22_RIGHT CTGTTAAGAGTGTCGGTAAATTTTGT
SARS-CoV-2_23_LEFT TGTACTAATTATATGCCTTATTTCTTTAC
SARS-CoV-2_23_RIGHT GTTTGTCTTAGTGGTTTAGATTCTTT
SARS-CoV-2_24_LEFT AAGGCTATTTGAACTCTACTAATGTCA
SARS-CoV-2_24_RIGHT AGTTATGTGCATGTTGTAGACGGTTGT
SARS-CoV-2_25_LEFT CGATTTCAGCTATGGTTAGAAT
SARS-CoV-2_25_RIGHT ATGGTTCCATCCATCTTTACTTT
SARS-CoV-2_26_LEFT TGTCACTACAGTTTAAAAGACCA
SARS-CoV-2_26_RIGHT CGTACCAATGGAAAAACTCAAAACACTAG
SARS-CoV-2_27_LEFT TGATAGTGCGGAAGTTGCAGTT
SARS-CoV-2_27_RIGHT AGTCACAACATTGCTTTGATATGGA
SARS-CoV-2_28_LEFT ACACCCCGTGACCTTGGTGCTT
SARS-CoV-2_28_RIGHT GATGGTGGTGTCACTCGTGACAT
SARS-CoV-2_29_LEFT TTTTTGTTGCTGCTATTTTCTAT
SARS-CoV-2_29_RIGHT TTGTGTTTTGGCTGCTGAATGTA
SARS-CoV-2_2_LEFT CGCGACGTGCTCGTACGTGG
SARS-CoV-2_2_RIGHT ACTGATCCTTATGAAGATTTTC
SARS-CoV-2_30_LEFT TTTAGTGCAGTTGGTAACATCTGTT
SARS-CoV-2_30_RIGHT TTCTGTGGTGTAGATGCTGTAAA
SARS-CoV-2_31_LEFT TCTGTTAGAGTGGTAACAACTTTT
SARS-CoV-2_31_RIGHT TAACACCAGTTTACTCATTCTTACCTGGT
SARS-CoV-2_32_LEFT TGAATACAGTCATGTAGTTGCCTTTAA
SARS-CoV-2_32_RIGHT TGTGCTATTACCTCTTACGCAATA
SARS-CoV-2_33_LEFT AGAAGCTGCGCTGTGCACCTTTT
SARS-CoV-2_33_RIGHT TTTACTGTCCAAGACATGTGATCTGC
SARS-CoV-2_34_LEFT TAAAGTTGAGGGTTGTATGGTAC
SARS-CoV-2_34_RIGHT TTAATGGTTCATGTGGTAGTGTTGGT
SARS-CoV-2_35_LEFT GTTACAATGGTTCACCATCTGGTGTT
SARS-CoV-2_35_RIGHT GACATACTAGGACCTCTTTCTGCTC
SARS-CoV-2_36_LEFT ACCACAACTCTTAATGACTTTAACCTTGT
SARS-CoV-2_36_RIGHT CTTTTGCTATGGGTATTATTGCTA
SARS-CoV-2_37_LEFT GTTGTTACTCACAATTTTGACTT
SARS-CoV-2_37_RIGHT ATGAATGTCTTGACACTCGTTTATAA
SARS-CoV-2_38_LEFT TGTATGCATCAGCTGTAGTGTTACT
SARS-CoV-2_38_RIGHT ATTACTTAGTTTCTACACAGGAGTTTAGATA
SARS-CoV-2_39_LEFT TACTTGTTACTTTGGCCTCTTTTGTTT
SARS-CoV-2_39_RIGHT TTCCATGCAGGGTGCTGTAGAC
SARS-CoV-2_3_LEFT AGCTGGTGGCCATAGTTACGGC
SARS-CoV-2_3_RIGHT TTTGAAATTAAATTGGCAAAGAAATTT
SARS-CoV-2_40_LEFT CACAATGACATTCTCTTAGCTAAAGA
SARS-CoV-2_40_RIGHT GAGGGCAAAAGTTACTAGTGCT
SARS-CoV-2_41_LEFT GATGCAGCCATGCAACGTAAG
SARS-CoV-2_41_RIGHT TTAGCATGGCCTCTTATTGTAACAG
SARS-CoV-2_42_LEFT TTTACTTATGCATCAGCATTGTGGGAA
SARS-CoV-2_42_RIGHT GGTTTGTTACAGACACACCTAAAGG
SARS-CoV-2_43_LEFT TGGGCTAGATTCCCTAAGAGTGATG
SARS-CoV-2_43_RIGHT GGTGGTGCATCGTGTTGTCTGT
SARS-CoV-2_44_LEFT AATCACTAATTGTGTTAAGATGTT
SARS-CoV-2_44_RIGHT CTAGTACTGATGTCGTATACAG
SARS-CoV-2_45_LEFT TGCGGTGTAAGTGCAGCCCGTC
SARS-CoV-2_45_RIGHT ATGAAGGTAATTGTGACACATTAAAA
SARS-CoV-2_46_LEFT GTGACATGGTACCACATATATCA
SARS-CoV-2_46_RIGHT GTTCCTGTTGTAGATTCTTATTAT
SARS-CoV-2_47_LEFT ACATTAGATAATCAAGATCTCAATGGTAAC
SARS-CoV-2_47_RIGHT ATTTGTTGATGGTGTTCCATTTGTAGTTT
SARS-CoV-2_48_LEFT TGACAGATGCATTCTGCATTGTGC
SARS-CoV-2_48_RIGHT AAGGAAGGAAGTTCTGTTGAATTAAA
SARS-CoV-2_49_LEFT TTTTCAAACTGTCAAACCCGGTAATTT
SARS-CoV-2_49_RIGHT AAACGTAATGTCATCCCTACTATAACT
SARS-CoV-2_4_LEFT CTGCCGTGAACATGAGCATGAA
SARS-CoV-2_4_RIGHT CCAAAATGCTGTTGTTAAAATTTAT
SARS-CoV-2_50_LEFT ATGGGGTAAGGCTAGACTTTATTATGATTC
SARS-CoV-2_50_RIGHT TTGTTCTTGCTCGCAAACATAC
SARS-CoV-2_51_LEFT TGGTGGTTGGCACAACATGTTAA
SARS-CoV-2_51_RIGHT TTACAACACAGACTTTATGAGTG
SARS-CoV-2_52_LEFT CAATGTTAATGCACTTTTATCT
SARS-CoV-2_52_RIGHT CCTTACCCAGATCCATCAAGAATC
SARS-CoV-2_53_LEFT CTCATGAATTTTGCTCTCAACATACA
SARS-CoV-2_53_RIGHT GTGTTCTTTGCAATTCACAGA
SARS-CoV-2_54_LEFT TTAACAGGACACATGTTAGACATGT
SARS-CoV-2_54_RIGHT TGGACAAGTTTTTGGTTTATATAAA
SARS-CoV-2_55_LEFT GTTGTGATGTCACAGATGTGAC
SARS-CoV-2_55_RIGHT TCTTTACTGGTTATCGTGTAACTAAAAAC
SARS-CoV-2_56_LEFT AAGTGCTGTCTGACAGAGAATT
SARS-CoV-2_56_RIGHT CTGGTAAGAGTCATTTTGCTATT
SARS-CoV-2_57_LEFT CAACACTCAATATCTCAGATGAGTTTT
SARS-CoV-2_57_RIGHT GTTGTCAATGCCAGATTACGTGCT
SARS-CoV-2_58_LEFT GACAGCAGATATAGTTGTCTTT
SARS-CoV-2_58_RIGHT TTAACAGGCCACAAATAGGCGTG
SARS-CoV-2_59_LEFT CATAAAGACAAATCAGCTCAATGCTTT
SARS-CoV-2_59_RIGHT AAATTCCACGTAGGAATGTGGCAAC
SARS-CoV-2_5_LEFT TGGCAGACGGGCGATTTTGTT
SARS-CoV-2_5_RIGHT GAGAAAGTCAACATCAATATTGTTGGT
SARS-CoV-2_60_LEFT TGTTGCTATTACCAGAGCAAAAGTAGGC
SARS-CoV-2_60_RIGHT GTGTCATGCTACTAGAGAAGC
SARS-CoV-2_61_LEFT GTTTATCACCCGCGAAGAAGCTA
SARS-CoV-2_61_RIGHT TGAAAATAGGACCTGAGCGCACCTGTTG
SARS-CoV-2_62_LEFT TAAAAATCTCTCTGACAGAGTCGTATTT
SARS-CoV-2_62_RIGHT TGAAGATTAATGCGGCTTGTAGAAA
SARS-CoV-2_63_LEFT GCTGTCCACGAGTGCTTTGTTA
SARS-CoV-2_63_RIGHT CCTTAACTTGCCTGGTTGTGATGGT
SARS-CoV-2_64_LEFT GAATTGCAATGTCGATAGATATCCT
SARS-CoV-2_64_RIGHT TTACAAACAATTTGATACTTATAACCTC
SARS-CoV-2_65_LEFT ATCATGCTAATGAGTACAGATTGTATCT
SARS-CoV-2_65_RIGHT AGAGATGCTCCAGCACATATATCT
SARS-CoV-2_66_LEFT AGAGGTGAAAATACTCAATAATTTGG
SARS-CoV-2_66_RIGHT TACTTTACTCAGAGTAGAAATTTACAAGAA
SARS-CoV-2_67_LEFT AGTCTTAATGGAGTCACATTAATTGGA
SARS-CoV-2_67_RIGHT CTAAGTGTGTGTGTTCTGTTATTGA
SARS-CoV-2_68_LEFT ACGTTTTAAGGAATCACCTTTTGAATTA
SARS-CoV-2_68_RIGHT TAATGATGAATGTCGCAAAATATACT
SARS-CoV-2_69_LEFT TATGCCTAATCTTTACAAAATG
SARS-CoV-2_69_RIGHT AAGACTAAAAATGTTACAAAAGAAAATGAC
SARS-CoV-2_6_LEFT CTAACATAGGTTGTAACCATAC
SARS-CoV-2_6_RIGHT TTCTGTGCGTGTTTTACAGAAGG
SARS-CoV-2_70_LEFT ATTGTGCAACTGTACATACAGCTAA
SARS-CoV-2_70_RIGHT TCAGTTGTCTTCCTATTCTTTATTTGACA
SARS-CoV-2_71_LEFT GCGAACAAATAGATGGTTATGT
SARS-CoV-2_71_RIGHT GTTTTCAGATCCTCAGTTTTACATT
SARS-CoV-2_72_LEFT TGTTAACAACTAAACGAACAATGTTTGTT
SARS-CoV-2_72_RIGHT TTATTGTTAATAACGCTACTAATGTTGTT
SARS-CoV-2_73_LEFT TTTTTGGTACTACTTTAGATTCGA
SARS-CoV-2_73_RIGHT TATTAACATCACTAGGTTTCAAACTTT
SARS-CoV-2_74_LEFT AGGAAAACAGGGTAATTTCAAA
SARS-CoV-2_74_RIGHT TAGAAAAAGGAATCTATCAAACTTCTAAC
SARS-CoV-2_75_LEFT CCATTACAGATGCTGTAGACTGTGCA
SARS-CoV-2_75_RIGHT CCAGGGCAAACTGGAAAGAT
SARS-CoV-2_76_LEFT CTGTCCTATATAATTCCGCATCATTTTCC
SARS-CoV-2_76_RIGHT CAATCATATGGTTTCCAACCCACTAATGG
SARS-CoV-2_77_LEFT GAGAGAGATATTTCAACTGAAATCTATCAG
SARS-CoV-2_77_RIGHT TGGTGGTGTCAGTGTTATAACACC
SARS-CoV-2_78_LEFT CAAAAAGTTTCTGCCTTTCCAACAATT
SARS-CoV-2_78_RIGHT TAGCTAGTCAATCCATCATTGCCT
SARS-CoV-2_79_LEFT GCAGGTATATGCGCTAGTTATC
SARS-CoV-2_79_RIGHT ACCAATTAAAGATTTTGGTGGTTTTAAT
SARS-CoV-2_7_LEFT CTTTATGCATTTGCATCAGAGGCT
SARS-CoV-2_7_RIGHT AATTGTCGGTGGACAAATTGTC
SARS-CoV-2_80_LEFT ACTGGAATAGCTGTTGAACAAGA
SARS-CoV-2_80_RIGHT ACAAATACCATTTGCTATGCAAATG
SARS-CoV-2_81_LEFT ACTTCTGCACTGTTAGCGGGTAC
SARS-CoV-2_81_RIGHT AGGCAGACTTCAAAGTTTGCAG
SARS-CoV-2_82_LEFT TTAAACACGCTTGTTAAACAAC
SARS-CoV-2_82_RIGHT ACTTTCCTCGTGAAGGTGTCTT
SARS-CoV-2_83_LEFT TATGTCCCTGCACAAGAAAAGA
SARS-CoV-2_83_RIGHT AAGAATTTAAATGAATCTCTCATCGATC
SARS-CoV-2_84_LEFT GTGACATCTCTGGCATTAATGCTTC
SARS-CoV-2_84_RIGHT AATCAAGGATGCTACTCCTTCAG
SARS-CoV-2_85_LEFT CTCTGAGCCAGTGCTCAAAGGA
SARS-CoV-2_85_RIGHT TTTAGTCTACTTCTTGCAGAGTATAAACT
SARS-CoV-2_86_LEFT AACAGTTTACTCACACCTTTTGCTCGT
SARS-CoV-2_86_RIGHT CTCAACTCAATTGAGTACAGACAC
SARS-CoV-2_87_LEFT TGAAAAATGGGAATCTGGAGTAAAAGAC
SARS-CoV-2_87_RIGHT TGCGCTTCGATTGTGTGCGTAC
SARS-CoV-2_88_LEFT GAGACAGGTACGTTAATAGTTA
SARS-CoV-2_88_RIGHT AGGAATAGGTTTTTGTATATAATTAA
SARS-CoV-2_89_LEFT AACAATGGAACCTAGTAATAGGT
SARS-CoV-2_89_RIGHT CTTCGTATTGCTGGACACCATCT
SARS-CoV-2_8_LEFT AAGTTTAAGGAAGGTGTAGAGTTTCT
SARS-CoV-2_8_RIGHT CAACCATTAGAACAACCTACTAGTGAA
SARS-CoV-2_90_LEFT ACGTGCCACTCCATGGCACTAT
SARS-CoV-2_90_RIGHT TAAAGTTTCCATTTGGAATCTTGATTA
SARS-CoV-2_91_LEFT GTGACAATATTGCTTTGCTTGTACA
SARS-CoV-2_91_RIGHT ATAACAAATTTGCACTGACTTGCTTT
SARS-CoV-2_92_LEFT AGTGTGTTAGAGGTACAACAGTACTT
SARS-CoV-2_92_RIGHT TTTTGGTTCTCACTTGAACTGCAAGATCA
SARS-CoV-2_93_LEFT AATAGTGTTTATAACACTTTGCTTCA
SARS-CoV-2_93_RIGHT CTAAATCACCCATTCAGTACAT
SARS-CoV-2_94_LEFT TATTCACTTCTATTCTAAATGGTAT
SARS-CoV-2_94_RIGHT TTTACCCAATAATACTGCGTCT
SARS-CoV-2_95_LEFT CGTTCTATGAAGACTTTTTAGAGT
SARS-CoV-2_95_RIGHT CTCAGTCCAAGATGGTATTTCTACTA
SARS-CoV-2_96_LEFT ATTGGCTACTACCGAAGAGCTACC
SARS-CoV-2_96_RIGHT GCTGGCAATGGCGGTGATGCT
SARS-CoV-2_97_LEFT CGTAGTCGCAACAGTTCAAGAA
SARS-CoV-2_97_RIGHT TCGGAATGTCGCGCATTGGCA
SARS-CoV-2_98_LEFT ATCAGACAAGGAACTGATTACAAAC
SARS-CoV-2_98_RIGHT CTCAGGCCTAAACTCATGCAGA
SARS-CoV-2_99_LEFT CTGCAGATTTGGATGATTTCTCC
SARS-CoV-2_99_RIGHT CATGTGATTTTAATAGCTTCTTAGGAG
SARS-CoV-2_9_LEFT GGGAGAAACACTTCCCACAGAAGTG
SARS-CoV-2_9_RIGHT TGAGTTCGCCTGTGTTGTGGCAGA
All Primer Sets