Primer Set: Midnight V3


IGV Visualization:


Download Primer Set BED
Download Sequence FASTA

Primers:

Name Locus Category Sequence
nCoV-2019_10_LEFT GTTTTCTGTGGTGTAGATGCTGTA
nCoV-2019_10_RIGHT CTATGAGGCCCAATTTCACTAT
nCoV-2019_11_LEFT GTATAAGTTTGTTCGCATTCAACCAGG
nCoV-2019_11_RIGHT TTCCATGTGGGCTCTTATAATC
nCoV-2019_12_LEFT GAGAGTGTGGACACTTATGAAT
nCoV-2019_12_RIGHT TGTGGGAAATCCAACAGGTTGT
nCoV-2019_13_LEFT ACAGCAGCCAAACTAATGGTTGT
nCoV-2019_13_RIGHT AAGAAAAGGACGAAGATGACAA
nCoV-2019_14_LEFT GTACTGATGTCGTATACAGGGCT
nCoV-2019_14_RIGHT CAGTAGCTGCACTTACTAACAA
nCoV-2019_15_LEFT TTACTTGTGTATGCTGCTGACCCTGCTA
nCoV-2019_15_RIGHT GCTGTTGTGTGTTTCAATAGCA
nCoV-2019_16_LEFT CTTTATGAGTGTCTCTATAGAAATAG
nCoV-2019_16_RIGHT TGTCTGACAGAGAATTACATCT
nCoV-2019_17_LEFT TGCAGCAGAAACGCTCAAAGCTA
nCoV-2019_17_RIGHT AACCCTGCTTGGAGAAAAGCTG
nCoV-2019_18_LEFT ACAAATCAGCTCAATGCTTTAAAATGT
nCoV-2019_18_RIGHT CTGCTTCAGACACTTATGCCTG
nCoV-2019_19_LEFT TTTGAGTTGACATCTATGAAGT
nCoV-2019_19_RIGHT GATGGACAACAGGGTGAAGTACC
nCoV-2019_1_LEFT TTTCGATCTCTTGTAGATCTGTTC
nCoV-2019_1_RIGHT ATGAATGCAACCAAATGTGCCT
nCoV-2019_20_LEFT ACTTATAACCTCTGGAACACTTTTACAAGA
nCoV-2019_20_RIGHT CTATGCCTAATCTTTACAAAAT
nCoV-2019_21_LEFT CTAAGGTTGTCAAAGTGACTATTGACTA
nCoV-2019_21_RIGHT AACTCAATTACCCCCTGC
nCoV-2019_21_RIGHT TTCTTTC
nCoV-2019_22_LEFT TGTTAACAACTAAACGAACAATGTTTGTTT
nCoV-2019_22_RIGHT TTTGCATCTGTTTATGCTTGGA
nCoV-2019_23_LEFT CCAACCAACAGAATCTATTGTTAGAT
nCoV-2019_23_RIGHT TGTAGCTAGTCAATCCATCATT
nCoV-2019_24_LEFT TCAACAACTCATATGAGTGTGACATA
nCoV-2019_24_RIGHT TCAGCACCTCATGGTGTAGTCT
nCoV-2019_25_LEFT AAAATGTCAGAGTGTGTACTTGGAC
nCoV-2019_25_RIGHT TTGCTGGAAATGCCGTTCCAAA
nCoV-2019_26_LEFT CCCTTTTCTCTATCTTTATGCT
nCoV-2019_26_RIGHT CATGTGGTCATTCAATCCAGAA
nCoV-2019_27_LEFT GTGGAATTGCTATCGCAATGGC
nCoV-2019_27_RIGHT CCTAAACGAACATGAAATTTCT
nCoV-2019_28_LEFT TTAGCCTTTCTGCTATTCCTTGTT
nCoV-2019_28_RIGHT ACAAGGCCAAACTGTCACTAAG
nCoV-2019_29_LEFT TTGAATACACCAAAAGATCACA
nCoV-2019_29_RIGHT GAGAGCTGCCTATATGGAAGAG
nCoV-2019_2_LEFT GACTATTCAACCAAGGGTTGAAAAGAAA
nCoV-2019_2_RIGHT ATTGTCACCTGTGCAAAGGAAA
nCoV-2019_3_LEFT GAAGTTTAAGGAAGGTGTAGAGTTTC
nCoV-2019_3_RIGHT GTGAGGACAATCAGACAACTAC
nCoV-2019_4_LEFT GCCACTTCTGCTGCTCTTCAAC
nCoV-2019_4_RIGHT ACCCGGGTCAGGGTTTAAATGG
nCoV-2019_5_LEFT AAGGCTGGTGGCACTACTGAAA
nCoV-2019_5_RIGHT CTACAAGATGCTTATTACAGAG
nCoV-2019_6_LEFT AATGGGCAGATAACAACTGTTATCTTGCC
nCoV-2019_6_RIGHT GAATGGATAATCTTGCCTGCGA
nCoV-2019_7_LEFT TACGTTGTCTTTGGAGCACAAAAC
nCoV-2019_7_RIGHT CCCGATTTCAGCTATGGTTAGA
nCoV-2019_8_LEFT ATTGTTTTTCAGCTATTTTGCAGTACATTT
nCoV-2019_8_RIGHT AGCAAAAAGTCACAACATTGCT
nCoV-2019_9_LEFT GGCGATAGTTGTAATAACTATATGCTCAC
nCoV-2019_9_RIGHT GACATATCAGCATCTATAGTAG
All Primer Sets